Опасаясь своей выдачи в СССР, Шаховской в январе 1946 года отправился в США. Ему помог начать новый этап эмиграции авиаконструктор И.И. Сикорский, давний друг и поклонник о. Иоанна. Архимандрит присоединился к самоуправляющейся Православной Американской митрополии (ставшей с 1970 года Православной Церковью в Америке). Он обосновался в Лос-Анджелесе, где стал настоятелем Свято-Богородицкого храма. В 1947 году в Нью-Йорке Архиерейским Собором Американской митрополии он был хиротонисан во епископа Бруклинского с назначением деканом Свято-Владимирской православной богословской академии в Нью-Йорке.
Перед владыкой открылись новые горизонты православного пастырства, миссионерства и культурной христианской деятельности. Но все же в этот период главное его духовное дело было связано с радио. Именно радиовещание позволило его пастырскому слову проникнуть в отгороженный железным занавесом СССР. С 1948 года в течение 40 лет владыка Иоанн вел радиопередачу «Беседы с русским народом» на «Голосе Америки». Каждую неделю он выступал не как проповедник, вещающий о неотмирных вопросах, а как негромкий и неназойливый собеседник, размышляющий о насущных проблемах, с которыми сталкивается всякий человек на своем жизненном пути: о смысле и цели существования, о болезни и смерти, о присутствии зла в этом мире и о путях его преодоления… Архиепископ Сан-Францисский раскрывал подлинные основы русской культуры, проникая христианским взглядом в творчество Державина, Пушкина, Крылова, Рылеева, А.К. Толстого, Достоевского, Лескова, Чехова, Булгакова,
Солженицына, Паустовского. Владыка Иоанн был открыт всякому, кто хотел с ним общаться. Скончался архиепископ Иоанн в 1989 году и после отпевания был упокоен на сербском кладбище в Санта-Барбаре.
Еще в 1930-е годы, размышляя о православном пастырстве, владыка Иоанн писал: «…Зная, что завещанная Богом борьба с терниями и волчцами земли захватывает весь разрез жизни земной, пастыри отдают все кесарево — кесарю, но самого кесаря отдают Богу, строго соблюдая иерархию жизненных ценностей. И в силу этого являются Ангелами Хранителями своего народа, его подлинной культуры, “солью” мира, свидетелями иной жизни, начинающейся в этой».
Алексей Савельев