Будучи убежденным противником коммунистической идеологии и марксистского «исторического материализма», ученый столь же активно выступил против «биологического материализма» нацистов. Трубецким были опубликованы статьи «О расизме» и «Мысли об индоевропейской проблеме», в которых он опровергал основные положения нацистской идеологии. После аншлюса Австрии в 1938 году Трубецкой по доносу одного коллеги был арестован гестапо, в его квартире провели несколько обысков. Правда, его скоро освободили (видимо, сыграли свою роль и княжеский титул, и то обстоятельство, что Трубецкой был старостой православного Никольского собора в австрийской столице), но научные материалы, в том числе рукопись книги «Предыстория славянских языков», были конфискованы и впоследствии пропали. Вскоре надломленный злоключениями князь скончался от инфаркта 25 июня в венской клинике.
Память о Трубецком в наше время увековечена как в науке, так и в политике. Концепция многополярности лежит в основании современной внешнеполитической доктрины России. В 2015 году был создан Евразийский Союз — главное интеграционное объединение на постсоветском пространстве. В его названии звучит отголосок идей знаменитого князя-евразийца.
Федор Гайда