Осенью 1939 года, вскоре после оккупации Чехии гитлеровской армией, условия деятельности РСУ существенно ухудшились. А в Карловом университете, согласно новым правилам, по достижении 64-летнего возраста профессоров провожали на пенсию, на которую было очень трудно прокормить семью. И тогда Новиков решил переехать из Праги в Братиславу, куда его пригласили заведовать кафедрой зоологии и возглавить Зоологический институт Братиславского (Словацкого) университета. В 1945 году он перебрался в Западную Германию, где проживал в течение четырех лет в Регенсбурге. Занимался он там преподавательской работой в Мюнхенском университете, а также в университете UNRRA (The United Nations Relief and Rehabilition Administration), учебном заведении, созданном для эмигрантов различных национальностей. На нем лежали материальные заботы о содержании семьи. Много сил отнимали поездки из Регенсбурга в Мюнхен.
У Новикова не оставалось никаких надежд на улучшение жизненной ситуации в Западной Германии, и он решил в августе 1949 года переехать с семьей в США. Там, уже находясь в преклонном возрасте, он читал публичные лекции в научных и культурных учреждениях, участвовал в деятельности Пироговского общества, несколько лет являлся руководителем Русской академической группы, опубликовал воспоминания «От Москвы до Нью-Йорка. Моя жизнь в науке и политике» (Нью-Йорк, 1952) и разработал проект создания Русского университета имени М.В. Ломоносова, оставшийся, к сожалению, нереализованным. В конце 1954 — начале 1955 года старейший ветеран русской науки возглавил комитет по празднованию 200-летнего юбилея Московского университета в Нью-Йорке. В 1954 году по случаю 50-летия научной деятельности М.М. Новикова Гейдельбергский университет наградил ученого Золотым дипломом доктора наук. Признанием научных заслуг Новикова стало и избрание его в 1957 году действительным членом американской Академии искусств и наук. В конце жизни Новиков признавался: «...хотя звезда моя продолжала светить мне и меня всюду встречали с достаточной приветливостью и гостеприимством, но жизнь без Родины и Московского университета, несмотря на все последующие успехи ее, ощущалась мной как надломленная и неполная».
Скончался М.М. Новиков на 89-м году жизни в Найаке под Нью-Йорком и был похоронен на
кладбище Новодивеевского монастыря в США.
Людмила Муромцева