Перебравшись из Петрограда в Москву, Милюков тщетно пытался создать очаг сопротивления большевикам. Осознав бесперспективность своих усилий, он отправился на Дон, где под руководством генералов М.В. Алексеева и Л.Г. Корнилова началось формирование Белого движения и Добровольческой армии. В мае 1918 года, находясь уже в Киеве, Милюков неожиданно совершил невообразимый политический кульбит: сторонник Антанты, он вступил в переговоры с командованием германских войск, надеясь на помощь Германии в борьбе с большевизмом и став, так сказать, «германофилом поневоле». Но расчеты на поддержку Германии оказались ошибочными. В ноябре 1918 года, забыв о временной измене русского политика интересам Антанты, ее лидеры пригласили Милюкова участвовать в Ясском совещании российских антибольшевистских сил с представителями государств Антанты. Из Ясс Павел Николаевич отправился в Западную Европу, надеясь координировать оттуда борьбу против большевизма. Находясь в Англии, он выступал в прессе от имени Белого движения.
Военное поражение белых армий привело в конце Гражданской войны к изменению взглядов Милюкова на пути избавления России от большевизма. В ноябре 1920 года, после эвакуации войск генерала
П.Н. Врангеля из Крыма, Милюков признал, что «Россия не может быть освобождена вопреки воле народа», а затем, приступив к разработке «новой тактики» антибольшевистской борьбы, переехал в Париж, ставший политическим и культурным центром российской эмиграции. Там он возглавил Союз русских писателей и журналистов и совет профессоров во Франко-русском институте. Отныне главная ставка делалась им не на вооруженную борьбу с Советской Россией, а на политическое, информационное и культурное преодоление большевизма. Так бывший сторонник конституционной монархии превратился в убежденного республиканца и заключил союз с правыми эсерами. Милюкову пришлось тогда даже вести полуконспиративный образ жизни, поскольку эмигранты-монархисты не раз покушались на его жизнь, считая политика виновником в развязывания революции в России и гибели царской семьи. 28 марта 1922 года одно из таких покушений закончилось трагически. В.Д. Набоков, известный кадет и отец будущего знаменитого писателя, заслонив собой только закончившего чтение лекции «Америка и восстановление России» в зале Берлинской филармонии П.Н. Милюкова, погиб от пуль двух террористов. Набоков очень ценил Милюкова, «одного из самых замечательных русских людей», «человека огромных, почти неисчерпаемых знаний».