Осенью 1922 года на пароходах «Пруссия» и «Обербургомистр Хакен» отправились в изгнание более 200 русских политических деятелей, ученых, инженеров, писателей, которых по решению ЦК РКП(б) насильно выдворяли за пределы России. Эта акция большевистского правительства вошла в историю под названием «философский пароход». В списках на высылку, составленных в ГПУ, значились и некоторые профессора Московского университета. В их число попал и бывший ректор Московского университета профессор М.М. Новиков, которого власти характеризовали следующим образом: «Саботирует декреты Соввласти в отношении высшей школы».

Михаил Михайлович Новиков родился 14 марта 1876 года в Москве. Дед Новикова торговал скотом и числился в купеческом сословии, отец также занимался торговыми делами. Образование, полученное в 1886–1894 годах в Московском коммерческом училище, позволяло молодому человеку из купеческой среды продолжать семейное дело, однако финансовое положение семьи ухудшилось, и ему пришлось в течение ряда лет зарабатывать на жизнь в банке, страховом обществе и репетиторством. Также он преподавал бухгалтерию в реальном училище и банковское счетоводство в Обществе распространения коммерческого образования. Но не этому хотел посвятить Новиков свою жизнь. Михаил стал самостоятельно готовиться к поступлению в университет. В 1901 году его жена получила наследство, часть которого выделила на университетское образование мужа. Ему уже тогда было 25 лет. Считая неудобным по причине вполне зрелого возраста учиться в России, Новиков по рекомендации ректора Императорского Московского университета А.А. Тихомирова поступил на Естественный факультет Гейдельбергского университета, по окончании которого в 1904 году стал доктором натурфилософии. Хотя научной специализацией Новикова была зоология, он с интересом посещал в Гейдельберге лекции юриста Г. Еллинека и философа К. Фишера. Вернувшись на родину, Михаил Михайлович начал свою научную деятельность в Институте сравнительной анатомии Московского университета.

Новиков продолжал пользоваться значительным авторитетом среди профессорско-преподавательского состава и после Октябрьской революции: в 1918 году он стал деканом физико-математического факультета, а в марте следующего года его избрали ректором Московского университета. Даже в невыносимых условиях Гражданской войны и разрухи он стремился сохранять дореволюционные научно-педагогические кадры и поддерживать университетские традиции. Так, в Татьянин день, в январе 1920 года, когда исполнилось 165 лет со дня основания Московского университета, ректор провел в круглом зале торжественное собрание преподавателей, которых угощали редкостными по тем временам яствами — душистым чаем с сахаром и испеченным сдобным печеньем. Затем Новиков выступил с речью на студенческой вечеринке, завершившейся концертом и танцами.

Михаил Михайлович отрицательно относился к реформам высшей школы, которые проводил Наркомпрос РСФСР. Он не допустил в состав совета Московского университета представителей новых подразделений — рабочего факультета (рабфака) и факультета общественных наук (ФОН). По его мнению, так называемая демократизация высшей школы приносила только вред, нарушая нормальный ход университетской жизни. Он опасался, что «пролетаризация» и резкое увеличение числа студентов приведут к снижению уровня преподавания и подготовки кадров.

Большевистские власти не доверяли свободно избранному ректору Московского университета, считая Новикова своим политическим противником. В начале 1920 года его арестовали органы ВЧК. Начались допросы по делу о так называемом Тактическом центре, не раз проводились обыски в его квартире. Пришлось Михаилу Михайловичу познакомиться и с бытом Лубянской тюрьмы. И, хотя никаких улик об участии Новикова в антибольшевистской борьбе чекистам получить не удалось и его отпустили на волю, в ноябре 1920 года он вынужден был оставить ректорский пост (формально — из-за реорганизации университета), а вскоре лишился должности декана физико-математического факультета. В августе 1922 года ему наряду с известным историком А.А. Кизеветтером запретили преподавать в Московском университете.

Судя по отзывам хорошо знавших его людей, Новиков всегда отличался блестящими организаторскими способностями. Принципиальность в его характере удивительным образом сочеталась с прагматизмом. Он был также профессором Карлова университета и президентом комитета по поддержанию Русской биологической станции в Виллафранке (она находилась на Средиземном море недалеко от Ниццы). Занимаясь исследованиями по зоологии, Новиков не раз приезжал туда со своими учениками. Именно ему принадлежала главная заслуга в спасении погибающей без финансирования биостанции: он добился того, чтобы чешская Академия наук взяла ее под свою опеку.

Одной из ярких страниц эмигрантской жизни Новикова также стало активное участие в создании Русского культурно-исторического музея (РКИМ). Михаил Михайлович считал своим непременным долгом популяризацию достижений отечественной науки. В январе 1930 года не только в русскоязычной эмигрантской прессе Праги, но и в чешских газетах были опубликованы объявления о проведении вечера «Татьянин день», посвященного 175-летию Московского университета. В программу торжественного собрания входили выступления М.М. Новикова, А.А.Кизеветтера, других бывших профессоров московской альма-матер. Пражский комитет собрал для проведения юбилея свыше 25 тысяч крон. Около половины собранной суммы ушло на издание юбилейного сборника, а на остальные средства решили учредить несколько стипендий для студентов РСУ в Праге.

Осенью 1939 года, вскоре после оккупации Чехии гитлеровской армией, условия деятельности РСУ существенно ухудшились. А в Карловом университете, согласно новым правилам, по достижении 64-летнего возраста профессоров провожали на пенсию, на которую было очень трудно прокормить семью. И тогда Новиков решил переехать из Праги в Братиславу, куда его пригласили заведовать кафедрой зоологии и возглавить Зоологический институт Братиславского (Словацкого) университета. В 1945 году он перебрался в Западную Германию, где проживал в течение четырех лет в Регенсбурге. Занимался он там преподавательской работой в Мюнхенском университете, а также в университете UNRRA (The United Nations Relief and Rehabilition Administration), учебном заведении, созданном для эмигрантов различных национальностей. На нем лежали материальные заботы о содержании семьи. Много сил отнимали поездки из Регенсбурга в Мюнхен.

У Новикова не оставалось никаких надежд на улучшение жизненной ситуации в Западной Германии, и он решил в августе 1949 года переехать с семьей в США. Там, уже находясь в преклонном возрасте, он читал публичные лекции в научных и культурных учреждениях, участвовал в деятельности Пироговского общества, несколько лет являлся руководителем Русской академической группы, опубликовал воспоминания «От Москвы до Нью-Йорка. Моя жизнь в науке и политике» (Нью-Йорк, 1952) и разработал проект создания Русского университета имени М.В. Ломоносова, оставшийся, к сожалению, нереализованным. В конце 1954 — начале 1955 года старейший ветеран русской науки возглавил комитет по празднованию 200-летнего юбилея Московского университета в Нью-Йорке. В 1954 году по случаю 50-летия научной деятельности М.М. Новикова Гейдельбергский университет наградил ученого Золотым дипломом доктора наук. Признанием научных заслуг Новикова стало и избрание его в 1957 году действительным членом американской Академии искусств и наук. В конце жизни Новиков признавался: «...хотя звезда моя продолжала светить мне и меня всюду встречали с достаточной приветливостью и гостеприимством, но жизнь без Родины и Московского университета, несмотря на все последующие успехи ее, ощущалась мной как надломленная и неполная».

Скончался М.М. Новиков на 89-м году жизни в Найаке под Нью-Йорком и был похоронен на
кладбище Новодивеевского монастыря в США.