В 1901 году Михаил Михайлович был приглашен преподавателем в Петербургское Императорское театральное училище, служил в младших классах у девочек. Несмотря на свой 22-летний возраст, Фокин всерьез размышлял о реформах балетного образования в России. В своем классе он уделял большое внимание раскрепощению рук и корпуса, насыщал каждую позу артистическим вдохновением. Михаил Михайлович пробовал вводить в урок элементы естественного движения, считал, что «бег на сцене — это камень преткновения. Первое время, когда мне приходилось просить танцовщицу, чтобы она не делала pas de bourree, а просто бежала, почти всегда она конфузилась, краснела и даже говорила: “Нет, я не могу…” А ведь шаг и бег — это основные движения. Из них развивается танец». Ученицы Фокина отличались грацией, легкостью и хорошо развитой координацией. Среди известных балерин, учениц Михаила Михайловича, были Лидия Лопухова,
Елена Люком, Елизавета Гердт, Людмила Шоллар.
В Театральном училище Фокин впервые проявляет себя как балетмейстер в постановках концертных номеров и небольших спектаклей на ученической сцене. Новаторство Фокина отразилось только в его собственных постановках, произведения классики он не редактировал. Фокин настаивал на том, чтобы «не составлять комбинации из готовых и установившихся танцевальных движений, а создавать в каждом случае новую форму, соответствующую сюжету, формулу наиболее выразительную, способную изобразить эпоху и характер представляемого народа». Фокин одним из первых хореографов обратился к небалетной симфонической музыке. Диапазон охвата различных эпох, стилей, национальностей, жанров и форм в спектаклях Фокина, кажется, был безграничен. Свою постановочную деятельность он начал с Древней Греции и Египта, показал сценическое воплощение русской сказки («Жар-птица»), библейских сюжетов («Легенда об Иосифе», комедии dell’arte («Карнавал»), восточных тем («Шехеразада», «Исламей»), испанских мотивов («Арагонская хота»), картин русского лубка («Петрушка») и французского «золотого» века («Павильон Армиды»).