Едва успев повидать родных, Булгаков бросился осматривать РКИМ, любимое детище, в которое вложил так много труда. Военные действия нанесли немалый урон собраниям музея. Повсюду виднелись следы повреждений: разбитые окна и стекла витрин, разбросанные книги, рисунки. В те дни у Валентина Федоровича была одна цель — спасти уцелевшее. Однако возродить деятельность РКИМ после окончания войны, несмотря на предпринимавшиеся его создателем усилия, не удалось. Началась работа по подготовке музейных ценностей к передаче в СССР.
Первоначально собрания РКИМ поступили в Министерство иностранных дел СССР, распределившее их между крупнейшими музеями Москвы и Ленинграда. Фонды библиотеки и рукописного отдела РКИМ были перевезены в Москву еще раньше, в декабре 1945 года, в составе Русского зарубежного исторического архива (РЗИА).
Летом 1948 года в составе первого транспорта реэмигрантов из Праги Булгаков вернулся в СССР. Валентин Федорович перевез сохраненные им материалы о Л.Н. Толстом в Ясную Поляну, где работал хранителем музея. Он охотно передавал свои знания и опыт молодым коллегам. Был легким в общении, активным и веселым человеком: заразительно смеялся, любил петь романсы, а зимой мог поиграть в снежки.
В 1958 году Булгакова приняли в Союз писателей СССР. В 1959 году он вышел на пенсию, но
продолжал участвовать в музейной и литературной жизни. В последние годы Валентин Федорович работал над двумя книгами воспоминаний: «Чтобы спасти от забвенья» и «Как прожита жизнь. Воспоминания последнего секретаря Л.Н. Толстого».
К 125-летию со дня рождения В.Ф. Булгакова 7 октября 2010 года на его родине в Новокузнецке был открыт памятник «Учитель и ученик», посвященный великому писателю Льву Николаевичу Толстому и его последнему личному секретарю. А еще раньше, в 2003 году, в филиале Новокузнецкого краеведческого музея, на территории которого располагается теперь памятник, был создан экспозиционный зал «Кабинет Булгаковых», рассказывающий о жизни и творчестве представителей двух поколений этой семьи.
Людмила Муромцева