В августе 1945 года, после освобождения советскими войсками Маньчжурии, Анерт работал в Институте изучения Северной Маньчжурии, Управлении Китайской Чанчуньской железной дороги, Музее ОИМК, Клубе «Е. и Г.». В Доме Красной армии, учрежденном в Харбине, он заведовал библиотекой и читал лекции красноармейцам, встречался с советскими геологами. Одним из посетивших коллегу-соотечественника был геолог, начальник особого спецотряда по сбору экономических материалов И.И. Берсенев. Ему удалось раздобыть машину дров для спасения от холода «одинокого старика без средств к существованию».
В декабре 1945 года Э.Э. Анерт обратился в Генеральное консульство СССР в Харбине с заявлением о восстановлении советского гражданства. В беседе с консулом обсуждались вопросы личного и профессионального характера. У него было много планов, в том числе по возрождению ОИМК, передаче его музея и библиотеки под покровительство АН СССР, подготовке к печати ряда своих работ. Ученый отдал советским геологам единственный
экземпляр составленной им геологической карты Маньчжурии масштаба 1:10 000 000. Документов о положительном решении просьбы Анерта обнаружить не удалось.
Эдуард Эдуардович Анерт ушел из жизни 25 декабря 1946 года в Харбине, похоронен на Старом кладбище. В 1958 году его личный архив был перевезен в Москву и сейчас хранится в Российском государственном архиве экономики (РГАЭ). Документы за 1869–1946 годы дают возможность изучить реальную биографию знаменитого фондообразователя и по достоинству оценить его профессиональный и личностный вклад в развитие отечественной и мировой геологии.
Юлия Бельчич